Sindirim sisteminin sağlıklı yapısını korumak için yapılması gereken ilk şey bol su içmektir. Yeteri kadar su içilmediğinde kalın bağırsak hareketleri yavaşlar. Bunun sonucunda da şişkinlik, kabızlık gibi rahatsızlıklar oluşur.
Sağlıklı bir sindirim sistemi için yapılması gereken diğer bir şey ise fiziksel aktivitedir. Egzersiz yapmak bağırsaklardaki kan akış oranını artırarak sindirimi hızlandırır. Aynı zamanda kalın bağırsak hareketlerini hızlandırarak dışkılamayı kolaylaştırır. Bu yüzden yürüyüş yapmak, yüzmek, koşu yapmak, bisiklete binmek gibi aktiviteler hem genel vücut sağlığı için hem de sindirim sistemi sağlığı için çok faydalıdır.
Sindirim sisteminin sağlıklı yapısını korumak için yapılması gerekenlerden biri de lif açısından zengin gıdalarla beslenmektir. Çünkü lif kalın bağırsak hareketlerini artırarak dışkılamaya yardımcı olur. Bu yüzden kişilerin günlük diyetinde mutlaka tam tahıllı gıdaların, lif açısından zengin meyve ve sebzelerin olması gerekir. Lif dışkıda su tutulmasını sağladığı için kabızlığı da önler.
Sindirim sistemi sağlığı açısından önemli olan diğer bir konu gıdaların temizliğidir çünkü tifo, kolera ve dizanteri gibi birçok hastalık etkeni iyi yıkanmamış sebze ve meyvelerin tüketilmesi ile vücuda alınır ve bağırsak enfeksiyonlarına neden olur. Bu yüzden sebze ve meyveler bol su ile yıkanarak tüketilmelidir. Besinlerin iyi yıkanmadan yenmesi besin zehirlenmelerine, ateşli hastalıklara, ishal gibi rahatsızlıklara neden olur. Tüketilen gıdaların doğal olması da sindirim sistemi sağlığı açısından önemlidir. Sucuk, salam, sosis gibi işlenmiş gıdalar hem genel vücut sağlığını hem de sindirim sistemi sağlığını olumsuz etkiler. Bu yüzden işlenmemiş gıdalarla, katkı maddesi eklenmemiş doğal ürünlerle beslenmeye özen gösterilmelidir.
Fast food diye tanımlanan yiyecekler kızartılmış ürünler, pizza ve hamburger gibi hızlı hazırlanan ve çabuk tüketilen gıdalardır. Bu gıdalar çok miktarda yağ içerirken bağırsakların ihtiyacı olan posayı içermez. Bu yüzden fast food ağırlıklı beslenen kişilerde bağırsak kanseri riski artar. Ayrıca fast food gıdalarda renklendirici, tatlandırıcı ve aroma artırıcı gibi katkı maddelerinin bulunması kanser riskini artırır. Fast food beslenmenin sadece sindirim sistemi sağlığı için değil genel vücut sağlığı için de olumsuz pek çok yönü vardır.
Şekerli suların karbondioksit gazıyla doyurulması ile üretilen gazlı içeceklerin asit yoğunluğu yüksektir. Yüksek asitli bu içecekler midedeki asit salgısını uyararak ülser gibi sindirim sistemi rahatsızlıkların oluşmasına neden olur. Asitli içeceklerde kafein oranı yüksektir. Kafein vücutta demirin emilimini azalttığı için demir eksikliğine neden olur. Ayrıca asitli içeceklerdeki asit ve şeker diş çürümelerine de neden olur.
Sindirim sisteminde yaşayan yararlı mikroorganizmalar bağırsak florasını oluşturur. Bağırsak florasında bilinen 500 tür bakteri mevcuttur ve bunlar sayı olarak 1–10 katrilyon arasındadır. Bu bakteriler genellikle kalın bağırsakta bulunur. Sağlıklı bir bağırsak florası sindirilemeyen gıdaların parçalanmasına yardımcı olur, zararlı bakterilerin çoğalmasını baskılar, bağışıklık sistemini güçlendirir, bağırsak mukozasında iltihap oluşumunu engeller ve bağırsaklardan kana toksik ürünlerin geçişini engeller. Antibiyotikler bakterileri yok eden ilaçlar olduğu için antibiyotik kullanımı bağırsak florasında bozulmalara neden olur. Bu durum kişinin bağışıklık sisteminin çökmesini ve kronik hastalıkların oluşmasını tetikler. Bilinçsiz antibiyotik kullanımının diğer bir olumsuz etkisi antibiyotiğe karşı dirençli bakterilerin oluşmasıdır. Antibiyotik direnci antibiyotiğin belli bir bakteriyi öldürme veya bakterinin üremesini durdurma özelliğini kaybetmesi demektir. Antibiyotik hastalık yapan bakterilere etki edemez hâle geldikçe ciddi seyirli hastalıklar artar, tedavi uzar ya da başarısızlığa uğrar hatta ölüme kadar giden sonuçlar oluşur. Ayrıca antibiyotiğe dirençli bakteriler idrar yolu, akciğer, cilt ve kan dolaşımı enfeksiyonlarına da neden olabilir.
