Pek çok ökaryot hücre bakteriler gibi bölünerek çoğalsa da hücre içi organizasyonlarının bakterilerden farklı olduğunu öğrendiniz. Ökaryot bir hücreli canlılar arasında da özelleşmiş yapılar açısından farklılıklar vardır. Örneğin, mayalar bakterilerden daha karmaşık, amipten daha basit bir organizasyona sahiptir. Amip bitki ve hayvan hücrelerinden basit, bir hücreli canlıdır.
Bitki ve hayvanlar ise farklılaşmış hücrelere sahip gelişmiş canlılardır. Bazı bir hücreli ökaryot canlılar çok hücreli kümeler oluşturur. Örneğin, Volvox kolonileri bir hücreden çok hücreli organizmalara geçişi simgeleyen hücre kümeleridir. Bu koloniyi bir yeşil alg türünün bir çok hücresi oluşturur. Hücreler ikiye bölündükten sonra sitoplazma bağlantılarını kaybetmeden yan yana bitişik durumda yaşamlarını sürdürür.
Çok hücreliye geçiş olarak kabul edilen Volvox (8000-40 000 hücreli) düzenli bir küredir. Koloniyi oluşturan hücrelerin arasında özelleşme ve iş bölümü vardır. Volvox kolonisinde üremeden, fotosentezden, hareketten sorumlu özelleşmiş hücreler bulunur. Koloni hücreleri birbirinden ayrılırsa bağımsız olarak yaşamaya devam edebilirler. Volvox kolonilerinden başka bilinen diğer örnekler de Pandorina (16 hücreli) ve Eudorina (Ödorina) (32 hücreli) kolonileridir.
Kolonilerde giderek artan hücre özelleşmeleri koloni topluluğundan gerçek çok hücrelilere geçişi sağlamıştır. Hücreler arasındaki görev dağılımının artmasıyla hücrelerde farklılaşma da artmıştır. Bu özelleşme ve farklılaşma çok hücrelilerde doku-organ-sistem düzeyindeki bir organizasyona doğru gelişmiştir. Örneğin bitkilerde iletim ve destek gibi dokular bulunur. Bu dokular da gövde, yaprak gibi organların yapısına katılır. Gelişmiş bir bitkide kök ve yaprak arasındaki madde taşınmasında iletim sistemi görev alır.
Hayvanlarda doku-organ-sistem organizasyonu daha karmaşık şekilde görülür. Örneğin insanda epitel, bağ, kas doku organların yapısına katılan doku çeşitlerinden bazılarıdır. Epitel doku hücreleri vücut yüzeyini kaplayan deriyi oluşturur. Derimiz bir organdır. Dolaşım sisteminin bir organı olan kalbin yapısında kas ve bağ doku bulunur.