Sitoplazma içinde ise değişik hücre cisimcikleri yer alır. Bunlar bitkidekilere benzer organellerdir. Sitoplazmanın ortasında veya ortasına yakın bir bölümde çekirdek (nukleus) yer alır. Çekirdeğin etrafında 2 katlı çekirdek zarı bulunur ve burada da pore’lar bulunmaktadır. Çekirdeğin içinde nükleoplazma (çekirdek plazması) bulunur. Nükleoplazma içinde koyu renkli bir kısım görülür ki bu çekirdekçiktir (nucleolus).
Sitoplazma, genç hücrelerde hücreyi tamamen doldururken hücre yaşlandıkça Vacuol adı verilen boşluklar yer almaya başlar. Vacuol’lerin etrafını kuşatan zara “Tonoplast” denir. Sitoplazmada dağınık halde yağ cisimcikleri (lipoid), uzunumsu gayri muntazam şekilli “Endoplasmic reticulum” adı verilen cisimcikler bulunur. Bu organel bitki hücrelerindeki kadar gelişmemiştir. Yuvarlağa yakın uzunumsu şekildeki organeller “Mitokondriler”dir. Bunlar enerji üretim yerleridir. 3 katlı bir tabakadan oluşmuştur. En iç zar mitokondrinin içerisine doğru tüp, kese veya katlanmış tabakalar şeklinde çıkıntılar oluşturur. Bu yapılara “Cristae” adı verilir.
Bu yapıdaki farklılıklar fungusların ayrımında kullanılan bir özelliktir. Cristae aerobik metabolizmalarda ATP’nin üretildiği yerlerdir. Sitoplazmada ribozom ve lysosome’lar da bulunur. Ribozomlar protein sentezi ile ilgili organellerdir. Lysosome lar ise sindirim enzimlerini içeren organellerdir. Bu şekilde bir fungus hücresi incelendiğinde bitki hücresiyle benzer tarafları bulunmaktadır.
